Los efectos que han causado la minería ilegal en Madre de Dios son devastadores e irremediables. Aproximadamente, ha destruido una extensión de bosques equivalente a 41 mil canchas de fútbol, la que si se pudiera replantar, tardaría un siglo en convertirse nuevamente en bosque.
Por otro lado, el daño que ha causado esta actividad en los últimos años ha provocado daños en fuentes agua en las que se necesitarían cinco mil 700 millones de soles (es decir, más de seis millones y medio de sueldos mínimos) para la reparación de estos recursos. Además, los pobladores de las zonas mineras, tienen hasta ocho veces más mercurio que el permitido por la Organización Mundial de la Salud, con los daños neurológicos que eso genera.
Esta organización ha ubicado al mercurio como uno de los diez productos químicos que producen más problemas de salud pública, con efectos especialmente dañinos en mujeres gestantes y niños, además de provocar el deterioro del sistema nervioso e inmunológico, el aparato digestivo y los pulmones. No es necesario que alguien esté trabajando e inhalando el mercurio para sufrir de estas consecuencias. Solo con consumir el agua contaminada del río y algunos de los peces que viven en ella ya se está expuesto. En un grupo de comunidades donde el agua potable es aún una promesa y donde el río es su principal fuente diaria, el problema se agrava.
En los últimos seis años, un grupo de mineros de Amazonas y Madre de Dios ha deforestado alrededor de 20 hectáreas de bosque, sin contar la contaminación constante de la quebrada Pastacillo, en el distrito de Río Santiago. Aunque se han realizado dos interdicciones, el pueblo Wampis asegura que la actividad ilegal sigue creciendo.